Þegar Mary Lennox verður munaðarlaus er hún send frá Indlandi til Englands til að búa hjá frænda sínum, Archibald Craven, á hinu afskekkta Misselthwaite-setri á Yorkshire-heiðunum. Mary er einmana, önug og vön því að þjónustufólk sinni öllum þörfum hennar, en nýtt umhverfi vekur smám saman forvitni hennar og dregur hana út úr þeirri einangrun sem hefur mótað bernsku hennar. Á setrinu eru ótal lokuð herbergi, dularfull hljóð berast um gangana og einhvers staðar á landareigninni leynist afgirtur garður sem hefur verið læstur í tíu ár. Þegar Mary finnur lykilinn að garðinum og uppgötvar leyndar dyr hans tekur líf hennar óvænta stefnu.Innan múranna virðist garðurinn hafa legið í dvala, en undir visnuðum greinum og órækt leynist líf sem bíður þess að vakna á ný. Með hjálp Dickons, hlýlegs drengs af heiðinni sem hefur einstakt lag á dýrum og öllu sem vex, tekur Mary að hlúa að garðinum í leyni. Um leið uppgötvar hún annað leyndarmál Misselthwaite-setursins: Colin Craven, son húsbóndans, hefur árum saman verið lokaður inni, sannfærður um að hann sé veikburða og muni aldrei geta lifað eðlilegu lífi. Kynni Mary, Colins og Dickons marka upphaf djúpstæðrar breytingar. Í garðinum finna þau vináttu, tilgang og hugrekki og læra smám saman að treysta eigin styrk.Leyndargarðurinn er saga um það sem getur lifnað við þegar ljós, umhyggja og von fá að ná inn fyrir lokaðar dyr. Endurvakning garðsins speglar breytingarnar sem verða á Mary, Colin og fjölskyldunni á Misselthwaite-setrinu og náttúran verður órjúfanlegur hluti frásagnarinnar. Frances Hodgson Burnett fléttar saman leyndardómi, húmor, hlýju og áhrifamiklum lýsingum á árstíðum og gróðri í sögu um vináttu, þroska og endurnýjun. Úr verður tímalaus skáldsaga um börn sem uppgötva, að lífið getur tekið að blómstra á ný jafnvel þar sem allt virtist áður yfirgefið og gleymt.
